Kostol a kláštor sa začali stavať v roku 1467. Kostol bol vysvätený v roku 1484. Františkáni v Skalici pôsobili až do roku 1950, kedy boli odtiaľ násilne vysídlení. Po roku 1989 sa o svoj majetok prihlásili v rámci cirkevných reštitúcií. Budovy kostola i kláštora boli v uplynulých storočiach niekoľkokrát prestavované a rozširované. V roku 1993 sa uskutočnila náročná rekonštrukcia priestoru lode kostola. Pri tejto príležitosti tu bola nájdená kamenná doska s neskorogotickým textom - najstarším zachovaným nápisom v Skalici z roku 1488 (v súčasnosti sa nachádza pri vstupe do kostola).